商標審查過程中存在多方面的挑戰和不確定性，包括在先商標信息的不完整性、審查中信息來源的局限性、審查員的主客觀差異以及審查標準的變動。

一、在先商標信息的不完整性

商標局在收到商標申請之后，要將這些申請資料進行分類并掃描到商標數據庫中，所以在遞交申請到可以在數據庫中檢索需要一定的周期，我們通常稱為商標盲期。而且在審查流程和環節也會存在一定的程序周期，不同審查員之間的差異也比較大，就會導致商標審查信息存在滯后和不完整的情況，這些都是無法避免而客觀存在的。

二、審查中信息來源的局限性

商標局審查依據的最完整最可靠的信息都是自己累積的商標注冊和申請信息，因為信息來源的被動和滯后，會出現有所漏掉的現象，而對于專利注冊和版權登記等的現象商標局是不知道的，只有權利人自己在異議期內提出異議，通過異議程序來維護自己的合法權益。

三、審查員的主客觀差異

每個商標申請的審查都是審查員獨立完成的，不同的審查員在專業范圍和工作經驗等方面都存在一定的差異，所以審查結果會受到主客觀的影響，對于同樣的商標可以不同的審查員可能會出現不同的結果。商標審查屬于主觀性比較強的工作，所以存在差異也是無法避免的。

四、審查標準的變動

商標法律法規政策會隨著市場經濟的發展而處于動態發展階段性調整之中，然而這種調整肯定是會影響商標標準的，所以當審查標準發生變動時，就會造成理解判定上的偏差。

在商標審查過程中，由于在先商標信息的不完整性、審查中信息來源的局限性、審查員的主客觀差異以及審查標準的變動等因素，可能會導致商標審查結果存在差異和不確定性。這些挑戰和不確定性是客觀存在的，無法完全避免。